同じURLでも、1つのメール毎にクリック率を測定できるのでしょうか？

はい、可能です。

その場合、クリックカウントを行いたいURLを配信ごとに登録してください。同じURLでも違う「メール差込用のURL」が作成されます。

クリックカウントを行いたいURLの登録（＝メール差込用のURLの作成）」は、50件まで可能です。